Всё зависит от того, как именно вы планируете подавать пакет. Если обращаться напрямую, то обычно требуется присутствие, но есть варианты сделать всё намного проще. Можете заранее глянуть нюансы по оформлению визы https://abt.ua/ru/countries-yaponiya/visa/ и проконсультироваться со специалистами, чтобы не ездить всем вместе. Нам в аналогичной ситуации это сэкономило кучу времени и сил, документы подготовили без лишней суеты.