На мой взгляд, наилучший вариант, это если специализированная фирма вроде этой разработает для Вашего предприятия специальную программу, которая обеспечит автоматизацию учета финансовой и складской деятельности, упорядочит всю бухгалтерию. А также поможет в начислении зарплаты сотрудникам, составлении отчетов, прогнозов и тд.

Вот и мы мучаемся с программой 1С Бухгалтерия, тоже подозреваю, что у нас какая-то пиратская версия, так как сбои происходят частенько. Хорошо, что есть штатный программист, который может оперативно все исправить и наладить нормальную работу.